perufaunads004 es un paquete de R para la validación taxonómica, reconciliación nomenclatural y consulta integral del estado de conservación de la fauna silvestre amenazada y legalmente protegida en el Perú.
Integra de manera rigurosa y unificada:
El Decreto Supremo N° 004-2014-MINAGRI (lista oficial de clasificación y categorización de especies amenazadas de fauna silvestre legalmente protegidas en el Perú, con 535 taxones).
El Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú (SERFOR, 2018; 548 pp.), incluyendo la evaluación técnica de 528 taxones y 381 fichas técnicas monográficas para especies en categorías de amenaza comprobada (CR, EN, VU), con justificaciones biológicas, criterios UICN, mapas de distribución, presiones antrópicas y medidas de conservación.
El motor de reconciliación taxonómica resuelve listas provenientes de evaluaciones de campo, inventarios biológicos o colecciones científicas mediante coincidencia exacta, resolución de sinónimos históricos, matching difuso (fuzzy) y resolución a nivel de género.
Contexto Científico y Marco Legal del Libro Rojo
El Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú es el primer documento comprehensivo en el país elaborado siguiendo formalmente las directrices y categorías cuantitativas de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN, versión 3.1). Fue coordinado por el SERFOR con la participación activa de más de 50 científicos agrupados en comités taxonómicos especializados:
- Anfibios (Alessandro Catenazzi y Rudolf von May): El Perú alberga ~599 especies descritas (Andes tropicales como hotspot mundial). Se documenta una tasa acelerada de descubrimientos (123 spp. en 2001-2010), altísimo endemismo (80% en especies >1000 m), la catástrofe epidemiológica del hongo quítrido (Batrachochytrium dendrobatidis - Bd) en géneros acuáticos (Atelopus, Telmatobius) y una brecha crítica de protección espacial: el 32% de los anfibios peruanos no habita dentro de ninguna Área Natural Protegida del SINANPE.
- Aves (Fernando Angulo Pratolongo): Con 1852 especies (3° país a nivel mundial), 106 son endémicas y 39 de ellas están amenazadas (41%). Los bosques secos tumbesinos concentran el 13.1% de las aves amenazadas en apenas el 3.54% del territorio nacional, y la Puna de Junín alberga 3 especies amenazadas que son todas endémicas y están todas En Peligro Crítico (CR).
- Mamíferos (E. Daniel Cossios Meza): 519 especies consideradas (9.72% de la mastofauna mundial; 4° lugar global y 2° sudamericano), con 70 endémicas y 92 amenazadas. La pérdida o degradación del hábitat por actividades agrícolas y ganaderas constituye la mayor amenaza nacional (68.5% de especies), seguida de la forestería (37.0%) y la cacería de consumo (54.2% en selva baja).
- Reptiles (José Pérez Z.): 483 especies (4.6% de la riqueza mundial). El 86% de las especies amenazadas fueron evaluadas bajo el Criterio B1 de la UICN (extensión de presencia restringida). El Desierto Costero alberga el 30% de su fauna amenazada debido a la intensa presión urbana (>50% de peruanos en la costa) y a un notable endemismo (88% de los saurios costeros son endémicos de la costa y 58% endémicos de Perú).
- Invertebrados Terrestres (José Antonio Ochoa y Diana Silva): Aunque los artrópodos representan el 80% de la biodiversidad animal del planeta y en Perú se estiman más de 41,300 especies de insectos (con más de 3800-4200 mariposas), no estuvieron protegidos hasta el D.S. N° 004-2014, que incorporó por primera vez 21 especies (17 artrópodos, 1 molusco y 3 onicóforos), incluyendo 2 en Peligro Crítico (Tingomaria hydrophila y Sulcophanaeus actaeon).
Instalación
# Instalar versión de desarrollo desde GitHub:
# remotes::install_github("PaulESantos/perufaunads004")Flujo de Trabajo Principal
library(tidyverse)
#> ── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
#> ✔ dplyr 1.2.1 ✔ readr 2.2.0
#> ✔ forcats 1.0.1 ✔ stringr 1.6.0
#> ✔ ggplot2 4.0.3 ✔ tibble 3.3.1
#> ✔ lubridate 1.9.5 ✔ tidyr 1.3.2
#> ✔ purrr 1.2.2
#> ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
#> ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
#> ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
#> ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors
library(perufaunads004)1. Clasificación y Parsing de Nombres (ds004_classify_spnames)
Descompone nombres de campo en género, epíteto específico, subespecie y autoría taxonómica:
nombres <- c(
"Tremarctos ornatus (F. Cuvier, 1825)",
"Telmatobius culeus (Garman, 1876)",
"Lama guanicoe cacsilensis Lönnberg, 1913",
"Tingomaria hydrophila"
)
ds004_classify_spnames(nombres)
#> # A tibble: 4 × 6
#> submitted_name clean_name genus species subspecies authorship
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 Tremarctos ornatus (F. Cuvier,… Tremarcto… Trem… ornatus <NA> (F. Cuvie…
#> 2 Telmatobius culeus (Garman, 18… Telmatobi… Telm… culeus <NA> (Garman, …
#> 3 Lama guanicoe cacsilensis Lönn… Lama guan… Lama guanic… cacsilens… Lönnberg,…
#> 4 Tingomaria hydrophila Tingomari… Ting… hydrop… <NA> <NA>2. Reconciliación Taxonómica Jerárquica (fauna_matching)
Compara una lista de nombres de campo contra la base oficial peruana y resuelve sinonimias, errores ortográficos y estatus legal:
lista_campo <- c(
"Tremarctos ornatus", # Exact match (Oso andino - VU)
"Oreonax flavicauda", # Sinónimo de Lagothrix flavicauda (Mono choro de cola amarilla - CR)
"Vultor gryphus", # Typo corregido por fuzzy matching (Cóndor andino - EN)
"Podiceps taczanowskii", # Zambullidor de Junín (CR)
"Telmatobius sp.", # Género con múltiples especies amenazadas
"Panthera leo" # Especie exótica no listada
)
resultado <- fauna_matching(lista_campo)
resultado |>
select(submitted_name, matched_name, match_type, ds004_code, libro_rojo_code, clase, common_name)
#> # A tibble: 6 × 7
#> submitted_name matched_name match_type ds004_code libro_rojo_code clase
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 Tremarctos ornatus Tremarctos … exact VU VU Mamí…
#> 2 Oreonax flavicauda Oreonax fla… exact CR <NA> Mamí…
#> 3 Vultor gryphus Vultur gryp… fuzzy EN EN Aves
#> 4 Podiceps taczanowskii Podiceps ta… exact CR CR Aves
#> 5 Telmatobius sp. Telmatobius… genus Multiple Multiple Anfi…
#> 6 Panthera leo <NA> no_match <NA> <NA> <NA>
#> # ℹ 1 more variable: common_name <chr>3. Consulta de Fichas Técnicas Monográficas (get_ficha)
Recupera el texto monográfico oficial redactado por los especialistas del SERFOR (2018):
# Obtener como tibble estructurado:
ficha_oso <- get_ficha("Tremarctos ornatus")
# O imprimir en consola con formato enriquecido mediante cli:
get_ficha("Penelope albipennis", print_details = TRUE)
#> ── FICHA TÉCNICA • Penelope albipennis ─────────────────────────────────────────
#> • Especie: Penelope albipennis Taczanowski, 1878
#> • Nombre común: Pava de ala blanca, pava aliblanca
#> • Categoría Libro Rojo: [CR] CR / C2a, D
#> • Jerarquía taxonómica: Aves (Clase Aves) → Galliformes → Cracidae
#>
#> ℹ Justificación Técnica de la Categorización
#> Esta ave se encuentra en un hábitat frágil y se distribuye en forma fragmentada
#> en un área de distribución de aproximadamente 1500 km2. El hábitat sufre de
#> intensas sequías y cada cierto tiempo del fenómeno de El Niño con lluvias
#> extremas. El número de individuos adultos y reproductores no supera los 250
#> ejemplares.
#>
#> ℹ Distribución Geográfica y Localidades
#> Endémica peruana. Entre los 5º 25’ S - 79º 55’ W al norte y los 6º 39’ 25” S -
#> 79º 22’ 30” W al sur, dentro del bosque seco ecuatorial de la región tumbesina,
#> en la vertiente occidental de la cadena principal de los Andes, en los
#> departamentos de Piura, Lambayeque y Cajamarca. Altitudinalmente, se le
#> encuentra principalmente entre los 300 y 1100 m, aunque ha sido reportada hasta
#> los 1400 m.
#>
#> ✖ Principales Amenazas y Presiones Antrópicas
#> De acuerdo con el Plan Nacional para la Conservación de la Pava Aliblanca
#> (Serfor, 2016), la problemática de la especie incluye caza y captura ilegal por
#> parte de cazadores foráneos y comuneros, deforestación por actividades
#> antrópicas y fragmentación de hábitat. La deforestación se produce por
#> expansión de la frontera agrícola, mala práctica ganadera, tala del bosque
#> natural para leña, carbón, o elaboración de artesanías, concesiones mineras,
#> reducción de los ojos de agua o “jagueyes” debido a sobreexplotación agrícola.
#> La fragmentación de hábitat proviene de la construcción de carreteras e
#> incremento de tránsito vehicular, que generan barreras que afectan la
#> dispersión y promueven el asentamiento de poblaciones humanas. Por otro lado,
#> esta pava posee una serie de características biológicas que incrementan su
#> sensibilidad frente a amenazas externas, como un ciclo que incluye una sola
#> reproducción al año, monogamia y comportamiento territorial, nidada pequeña
#> (uno a tres huevos o polluelos por pareja al año), madurez sexual tardía y una
#> conducta evasiva y susceptible al estrés.
#>
#> ✔ Medidas de Conservación y Representatividad en el SINANPE
#> La especie y su hábitat están legalmente protegidos en el Refugio de Vida
#> Silvestre Laquipampa, el Área de Conservación Regional Bosque Moyán-Palacios,
#> el Área de Conservación Regional Bosques Secos de Salitral- Huarmaca y el Área
#> de Conservación Privada Chaparrí. Es manejada en cautiverio, y se contó con un
#> programa de reintroducción entre 2001-2007. Además, cuenta con un Plan Nacional
#> para su Conservación publicado en el 2016 y válido entre el 2016 y 2021
#> (Serfor, 2016). Se sugiere ampliar el conocimiento sobre la especie, su hábitat
#> y el manejo en cautiverio, evitar la caza y captura de ejemplares de pava
#> aliblanca y reducir la deforestación y fragmentación del hábitat (Serfor,
#> 2016). Además, se recomienda continuar con las campañas de educación ambiental
#> (Riva, 2009), asegurar fondos para los zoocriaderos y reflotar el zoocriadero
#> Bárbara D´Achille con apoyo privado, realizar un studbook de los ejemplares en
#> cautiverio, internacionalizar el apoyo a la cría en cautiverio con
#> participación de zoológicos y entidades que permitan su sostenibilidad en el
#> tiempo y confirmar la existencia de la población del Marañón (Mark, 2011).
#>
#> ℹ Especialistas autores: V. R. Díaz, F. Angulo
#> ───────── SERFOR (2018) • Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú ──
#> # A tibble: 1 × 17
#> genus species subespecie species_autor class_name order_name family_name
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 Penelope albipennis <NA> Taczanowski,… Aves Galliform… Cracidae
#> # ℹ 10 more variables: species_name <chr>, ficha_categoria <chr>,
#> # ficha_grupo <chr>, common_name <chr>, justificacion <chr>,
#> # distribucion <chr>, amenazas <chr>, conservacion <chr>, autores <chr>,
#> # canonical_name <chr>4. Verificación Rápida de Amenaza (is_threatened)
is_threatened(c("Tremarctos ornatus", "Panthera leo", "Penelope albipennis"))
#> [1] TRUE FALSE TRUEDatasets Incluidos
| Dataset | Registros | Descripción |
|---|---|---|
ds004_fauna |
535 | Especies legalmente protegidas bajo el D.S. N° 004-2014-MINAGRI con categorías oficiales, nombres comunes y observaciones normativas. |
libro_rojo_especies |
528 | Taxones analizados en el Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú (SERFOR, 2018). |
libro_rojo_fichas |
381 | Fichas técnicas completas para especies en categorías de amenaza real (CR, EN, VU) con criterios UICN, justificación, distribución, presiones y autores. |
fauna_backbone |
536 | Backbone taxonómico relacional unificado que sincroniza ambas fuentes, indexando sinónimos y flags de disponibilidad. |
Viñetas del Paquete
El paquete incluye cuatro viñetas temáticas detalladas:
- Introducción a perufaunads004: Guía de inicio rápido y flujos de trabajo recomendados para consultorías ambientales y estudios ecológicos.
- Fundamentos de Conservación, Criterios UICN y Marco Legal del Libro Rojo: Evolución histórica normativa en el Perú (1977-2018), aplicación de los criterios UICN (A-E), el porqué del predominio del Criterio B y la ausencia del Criterio E en la fauna peruana, y resolución de la taxonomía dinámica.
- Diagnóstico por Grupos Taxonómicos, Ecorregiones y Amenazas: Análisis exhaustivo por taxones: la crisis del hongo quítrido en anfibios y brechas espaciales en el SINANPE; aves endémicas de bosques secos y la Puna de Junín; mastofauna amenazada por frontera agrícola; sesgos de muestreo en reptiles costeros e inclusión histórica de invertebrados terrestres.
- Comparación de Listas de Fauna Amenazada del Perú (2014 vs. 2018): Evaluación relacional paso a paso de coincidencias, transiciones de categorías de amenaza, especies añadidas y retiradas entre el D.S. N° 004-2014 y el Libro Rojo 2018.
Licencia y Cita
- Licencia: MIT
- Cita recomendada: Santos Andrade, P. E. (2026). perufaunads004: Taxonomic Validation and Reconciliation of Threatened Fauna of Peru. R package version 0.1.0. https://github.com/PaulESantos/perufaunads004