Reconciliación y validación de nombres taxonómicos de fauna silvestre

Compara y valida una lista de nombres de especies de fauna silvestre contra la base oficial de especies amenazadas del Perú (DS 004-2014-MINAGRI y Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú, SERFOR 2018). Aplica un algoritmo de matching escalonado: exacto, sinónimos, difuso (fuzzy) y nivel de género, de forma análoga a wcvpmatch.

Usage

fauna_matching(
  query,
  target_df = NULL,
  species_col = NULL,
  max_distance = 1,
  method = "osa",
  fuzzy = TRUE,
  genus_match = TRUE,
  group = NULL
)

ds004_match(
  query,
  target_df = NULL,
  species_col = NULL,
  max_distance = 1,
  method = "osa",
  fuzzy = TRUE,
  genus_match = TRUE,
  group = NULL
)

Arguments

query: Un vector de caracteres con nombres taxonómicos, o un data.frame / tibble con una columna de nombres.
target_df: Base de datos de referencia. Por defecto es NULL, utilizando el backbone consolidado incluido en el paquete (fauna_backbone).
species_col: Nombre de la columna de nombres si query es un data.frame.
max_distance: Distancia máxima de edición para matching difuso (por defecto 1).
method: Método de distancia de cadenas para stringdist (por defecto "osa").
fuzzy: Lógico. Si es TRUE (por defecto), realiza matching difuso cuando falla el match exacto y por sinónimos.
genus_match: Lógico. Si es TRUE (por defecto), intenta emparejar al nivel de género cuando no se encuentra coincidencia a nivel de especie.
group: Filtro opcional por clase/grupo taxonómico (ej. "Mamíferos", "Aves", "Anfibios", "Reptiles", "Invertebrados").

Value

Un tibble con las siguientes columnas de auditoría y categorización:

submitted_name: Nombre original recibido.
clean_name: Nombre normalizado utilizado para la búsqueda.
matched_name: Nombre científico aceptado en la norma o Libro Rojo.
match_type: Tipo de coincidencia: "exact", "synonym", "fuzzy", "genus", o "no_match".
match_status: Estado: "matched", "ambiguous", o "unmatched".
distance: Distancia de edición calculada (0 para exacto o sinónimo).
similarity: Puntaje de similaridad entre 0 y 1.
clase: Clase o grupo taxonómico (Mamíferos, Aves, etc.).
order_name: Orden taxonómico.
family_name: Familia taxonómica.
common_name: Nombre(s) común(es) registrado(s).
ds004_code: Categoría en DS 004-2014-MINAGRI (CR, EN, VU, NT, DD).
ds004_categoria: Descripción completa de la categoría en DS 004.
libro_rojo_code: Categoría en el Libro Rojo SERFOR 2018.
libro_rojo_categoria: Descripción completa de categoría en Libro Rojo.
has_technical_sheet: Lógico indicando si cuenta con ficha técnica descriptiva.
in_ds004: Lógico indicando si figura en el DS 004-2014-MINAGRI.
in_libro_rojo: Lógico indicando si figura en el Libro Rojo 2018.

Examples

# \donttest{
# Validación de nombres exactos, sinónimos y con error tipográfico
nombres <- c(
  "Tremarctos ornatus",
  "Oreonax flavicauda",           # Sinónimo de Lagothrix flavicauda
  "Vultor gryphus",               # Typo para Vultur gryphus
  "Telmatobius culeus",
  "Panthera leo"                  # No amenazada en Perú
)
res <- fauna_matching(nombres)
res[, c("submitted_name", "matched_name", "match_type", "ds004_code", "libro_rojo_code")]
#> # A tibble: 5 × 5
#>   submitted_name     matched_name       match_type ds004_code libro_rojo_code
#>   <chr>              <chr>              <chr>      <chr>      <chr>          
#> 1 Tremarctos ornatus Tremarctos ornatus exact      VU         VU             
#> 2 Oreonax flavicauda Oreonax flavicauda exact      CR         NA             
#> 3 Vultor gryphus     Vultur gryphus     fuzzy      EN         EN             
#> 4 Telmatobius culeus Telmatobius culeus exact      CR         CR             
#> 5 Panthera leo       NA                 no_match   NA         NA             
# }