Clasificar y descomponer nombres científicos de especies — ds004_classify

Descompone nombres científicos de especies de fauna en sus elementos taxonómicos constitutivos: género, epíteto específico, epíteto infraespecífico / subespecie y autoría taxonómica, siguiendo los principios de 'wcvpmatch'.

Usage

ds004_classify_spnames(data, species_col = NULL)

ds004_classify_names(data, species_col = NULL)

Arguments

data: Un vector de caracteres con nombres taxonómicos, o un data.frame / tibble que contenga una columna con nombres.
species_col: Nombre de la columna que contiene los nombres científicos cuando data es un data.frame. Por defecto busca columnas como "scientific_name", "species", "species_name" o toma la primera columna.

Value

Un tibble con las siguientes columnas:

submitted_name: El nombre tal como fue ingresado originalmente.
clean_name: El nombre científico limpio (género + epíteto específico [+ subespecie]).
genus: El género taxonómico con mayúscula inicial.
species: El epíteto específico en minúsculas.
subspecies: El epíteto de subespecie (o NA_character_ si no aplica).
authorship: La autoría y año taxonómico detectado (o NA_character_).

Examples

# A partir de un vector de nombres
nombres <- c(
  "Tremarctos ornatus (Cuvier, 1825)",
  "Telmatobius culeus",
  "Lama guanicoe cacsilensis",
  "Vultur gryphus Linnaeus 1758",
  "Puma concolor"
)
ds004_classify_spnames(nombres)
#> # A tibble: 5 × 6
#>   submitted_name                  clean_name genus species subspecies authorship
#>   <chr>                           <chr>      <chr> <chr>   <chr>      <chr>     
#> 1 Tremarctos ornatus (Cuvier, 18… Tremarcto… Trem… ornatus NA         (Cuvier, …
#> 2 Telmatobius culeus              Telmatobi… Telm… culeus  NA         NA        
#> 3 Lama guanicoe cacsilensis       Lama guan… Lama  guanic… cacsilens… NA        
#> 4 Vultur gryphus Linnaeus 1758    Vultur gr… Vult… gryphus NA         Linnaeus …
#> 5 Puma concolor                   Puma conc… Puma  concol… NA         NA        

# Integración con pipes tidyverse
library(tibble)
df <- tibble(sp = c("Lagothrix flavicauda", "Inia geoffrensis"))
df |> ds004_classify_spnames(species_col = "sp")
#> # A tibble: 2 × 6
#>   submitted_name       clean_name           genus  species subspecies authorship
#>   <chr>                <chr>                <chr>  <chr>   <chr>      <chr>     
#> 1 Lagothrix flavicauda Lagothrix flavicauda Lagot… flavic… NA         NA        
#> 2 Inia geoffrensis     Inia geoffrensis     Inia   geoffr… NA         NA