Crea una descarga reproducible de ocurrencias desde GBIF

Envia una descarga mediada por GBIF para un poligono amplio. A diferencia de buscar_especies_*(), este flujo no devuelve una muestra inmediata: genera una clave de descarga y DOI citable. El formato Parquet es la opcion predeterminada para volumenes grandes; requiere arrow solo para leer el archivo posteriormente, no para solicitarlo.

Usage

crear_descarga_gbif(
  poligono,
  nombre_cientifico = NULL,
  grupo = NULL,
  taxonomia = c("col", "backbone"),
  coincidencia_taxonomica = c("exacta", "permitir_fuzzy", "permitir_rango_superior"),
  filtros_calidad_gbif = filtros_calidad_gbif_predeterminados(),
  excluir_incidentes_geoespaciales = NULL,
  solo_ocurrencias_presentes = NULL,
  excluir_fosiles = NULL,
  excluir_especimenes_vivos = NULL,
  incertidumbre_max_m = NULL,
  permitir_incertidumbre_desconocida = NULL,
  distancia_min_centroide_m = NULL,
  licencias_gbif = NULL,
  formato = c("SIMPLE_PARQUET", "SIMPLE_CSV", "DWCA"),
  esperar = FALSE,
  dir_salida = NULL,
  tolerancia_simplificacion = 100,
  user = NULL,
  pwd = NULL,
  email = NULL,
  reintentos = configuracion_predeterminada()$reintentos_api
)

solicitar_descarga_gbif(...)

Arguments

poligono

Objeto espacial aceptado por preparar_poligono_usuario().

nombre_cientifico

NULL o nombre cientifico a resolver en GBIF.

grupo

NULL, "flora" o "fauna".

taxonomia

"col" (predeterminado) o "backbone".

coincidencia_taxonomica

Politica para coincidencias no exactas.

filtros_calidad_gbif

Lista creada por filtros_calidad_gbif_predeterminados().

excluir_incidentes_geoespaciales

Excluye incidencias espaciales conocidas cuando es TRUE; con FALSE no las filtra.

solo_ocurrencias_presentes

Conserva solo registros PRESENT cuando es TRUE; con FALSE no aplica ese filtro.

excluir_fosiles, excluir_especimenes_vivos

Excluyen esos tipos de registro cuando son TRUE.

incertidumbre_max_m

Maxima incertidumbre espacial en metros.

permitir_incertidumbre_desconocida

Conserva registros sin valor de incertidumbre al aplicar incertidumbre_max_m.

distancia_min_centroide_m

Distancia minima a un centroide, en metros.

licencias_gbif

Licencia o vector de licencias aceptadas por GBIF.

formato

Formato solicitado a GBIF.

esperar

Si es TRUE, espera a que GBIF termine y descarga el ZIP.

dir_salida

Directorio opcional para el manifiesto y, cuando esperar = TRUE, directorio obligatorio para el ZIP.

tolerancia_simplificacion

Tolerancia inicial, en metros, para simplificar poligonos con WKT extenso. La simplificacion conserva el poligono; nunca lo reemplaza por una caja delimitadora.

user, pwd, email

Credenciales GBIF opcionales. Es preferible definir GBIF_USER, GBIF_PWD y GBIF_EMAIL como variables de entorno.

reintentos

Entero positivo con el numero maximo de intentos para las operaciones remotas de GBIF.

...

Argumentos que se reenvian a crear_descarga_gbif().

Value

Lista con la clave, DOI, cita, resolucion taxonomica y, opcionalmente, la ruta del archivo descargado.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
if (requireNamespace("sf", quietly = TRUE)) {
  poligono <- sf::st_sfc(
    sf::st_polygon(list(matrix(
      c(-77.05, -12.13, -77.01, -12.13, -77.01, -12.10, -77.05, -12.10, -77.05, -12.13),
      ncol = 2, byrow = TRUE
    ))),
    crs = 4326
  )
  # Requiere credenciales GBIF (GBIF_USER, GBIF_PWD, GBIF_EMAIL)
  crear_descarga_gbif(poligono, grupo = "aves")
}
} # }