Consultar y Contrastar Especies con los Apéndices CITES del Perú

Compara una lista de nombres científicos de plantas o animales contra las bases de datos oficiales de CITES Perú (Fauna y Flora), ejecutando un pipeline de concordancia secuencial optimizado:

Direct match: Coincidencia exacta con un taxón CITES aceptado.
Synonym match: Coincidencia con un sinónimo oficial registrado en las publicaciones del MINAM, resolviendo el registro al taxón aceptado y su respectivo Apéndice.
Suffix match: Variación de un par de sufijos latinos permitido dentro del mismo género.
Fuzzy match: Coincidencia aproximada por distancia de edición de Levenshtein, acotada por max_dist; los empates se reportan como ambiguos.
Genus match: Detección de registros CITES para un género ingresado (o con calificador sp./spp.), que requiere validación a nivel de especie.
Unmatched: Nombres sin coincidencia en los listados oficiales nacionales (is_cites = FALSE).

Usage

cites_match(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  max_dist = 1,
  allow_synonyms = TRUE,
  genus_fallback = FALSE,
  output = c("standard", "full")
)

cites_matching(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  max_dist = 1,
  allow_synonyms = TRUE,
  genus_fallback = FALSE,
  output = c("standard", "full")
)

match_cites_pe(
  splist,
  taxon = c("all", "fauna", "flora"),
  edition = c("latest", "all", "2023", "2019", "2018"),
  max_dist = 1,
  allow_synonyms = TRUE,
  genus_fallback = FALSE,
  output = c("standard", "full")
)

Arguments

splist

Vector de caracteres con nombres científicos, o un data.frame / tibble con una columna de nombres taxonómicos.

taxon

Subconjunto de evaluación: "all" (fauna y flora, por defecto), "fauna" o "flora".

edition

Edición del listado oficial a consultar:

"latest" (por defecto): Listado de Fauna 2023 (v.2023 MAR) + Listado de Flora 2018.
"all": Incluye registros históricos de 2018, 2019 y 2023.
"2023": Exclusivamente la edición de Fauna 2023.
"2019": Exclusivamente la edición de Fauna 2019.
"2018": Edición 2018 (Fauna 2018 y Flora 2018).

max_dist

Distancia máxima de edición permitida para la fase difusa (fuzzy match). Por defecto es 1 (permite 1 inserción, sustitución o eliminación dentro del mismo género).

allow_synonyms

Valor lógico. Si es TRUE (por defecto), resuelve coincidencias con sinónimos oficiales al taxón CITES aceptado. Si es FALSE, solo busca nombres aceptados.

genus_fallback

Valor lógico. Si es FALSE (por defecto), los nombres binominales que no coinciden a nivel de especie permanecen como no listados (unmatched). Si es TRUE, se permite que binomios sin coincidencia específica hagan match con el género si este está regulado.

output

Formato de salida:

"standard" (por defecto): Devuelve las columnas esenciales para análisis de conservación.
"full": Devuelve la totalidad de componentes de parsing, banderas (has_cf, is_sp) y metadatos de autoría.

Value

Un tibble con los resultados de la concordancia preservando el orden original de entrada. Incluye match_assessment, procedencia de la fuente y la edición efectiva. Sus valores son "matched", "not_listed", "requires_species_validation", "requires_taxonomic_validation" y "ambiguous_match".

Examples

# Consulta exacta y sinónimos
cites_match(c(
  "Tremarctos ornatus",
  "Epipedobates femoralis",
  "Swietenia macrophylla",
  "Paphiopedilum besseae",
  "Homo sapiens"
))
#> # A tibble: 5 × 21
#>   input_index input_name  matched_name accepted_name match_type match_assessment
#>         <int> <chr>       <chr>        <chr>         <chr>      <chr>           
#> 1           1 Tremarctos… Tremarctos … Tremarctos o… exact      matched         
#> 2           2 Epipedobat… Epipedobate… Allobates fe… synonym    matched         
#> 3           3 Swietenia … Swietenia m… Swietenia ma… exact      matched         
#> 4           4 Paphiopedi… Paphiopedil… Phragmipediu… synonym    matched         
#> 5           5 Homo sapie… NA           NA            unmatched  not_listed      
#> # ℹ 15 more variables: is_cites <lgl>, apendice <chr>, taxon <chr>,
#> #   clase <chr>, familia <chr>, categoria_nacional <chr>, uicn <chr>,
#> #   matched_dist <int>, edition_used <chr>, source_dataset <chr>,
#> #   source_row_id <chr>, source_title <chr>, source_url <chr>,
#> #   candidate_names <chr>, candidate_count <int>

# Consulta con errores tipográficos (fuzzy match)
cites_match(c("Tremarctos ornatu", "Swietenia macrofila"), max_dist = 2)
#> # A tibble: 2 × 21
#>   input_index input_name  matched_name accepted_name match_type match_assessment
#>         <int> <chr>       <chr>        <chr>         <chr>      <chr>           
#> 1           1 Tremarctos… Tremarctos … Tremarctos o… fuzzy      requires_taxono…
#> 2           2 Swietenia … NA           NA            unmatched  not_listed      
#> # ℹ 15 more variables: is_cites <lgl>, apendice <chr>, taxon <chr>,
#> #   clase <chr>, familia <chr>, categoria_nacional <chr>, uicn <chr>,
#> #   matched_dist <int>, edition_used <chr>, source_dataset <chr>,
#> #   source_row_id <chr>, source_title <chr>, source_url <chr>,
#> #   candidate_names <chr>, candidate_count <int>

# Consulta a nivel de género
cites_match(c("Cedrela sp.", "Touit spp."))
#> # A tibble: 2 × 21
#>   input_index input_name  matched_name accepted_name match_type match_assessment
#>         <int> <chr>       <chr>        <chr>         <chr>      <chr>           
#> 1           1 Cedrela sp. Cedrela      Cedrela spp.  genus      requires_specie…
#> 2           2 Touit spp.  Touit        Touit spp.    genus      requires_specie…
#> # ℹ 15 more variables: is_cites <lgl>, apendice <chr>, taxon <chr>,
#> #   clase <chr>, familia <chr>, categoria_nacional <chr>, uicn <chr>,
#> #   matched_dist <int>, edition_used <chr>, source_dataset <chr>,
#> #   source_row_id <chr>, source_title <chr>, source_url <chr>,
#> #   candidate_names <chr>, candidate_count <int>