Skip to contents

Clasificar y Normalizar Nombres Científicos en Componentes Taxonómicos

Source: R/classify_names.R
cites_classify_names.Rd

Desglosa y normaliza nombres científicos de plantas o animales en sus componentes taxonómicos elementales: género, epíteto específico, rango infraespecífico, epíteto infraespecífico y autoría. Detecta además calificadores botánicos y zoológicos habituales (cf., aff., sp., spp., marcadores de híbrido).

Esta función sigue la convención establecida en paquetes como wcvpmatch:

  • orig_genus: Género en formato Title Case (primera letra mayúscula).

  • orig_species: Epíteto específico en minúsculas (sin acentos).

  • infra_rank: Rango infraespecífico en minúsculas ("subsp.", "var.", "f.").

  • orig_infraspecies: Epíteto infraespecífico en minúsculas.

  • canonical_name: Nombre binomial o trinominal canónico reconstruido.

  • author: Autoría taxonómica recuperada cuando está presente.

  • Banderas lógicas: has_cf, has_aff, is_sp, is_spp, had_hybrid.

Usage

cites_classify_names(splist, name_col = NULL)

cites_classify_spnames(splist, name_col = NULL)

Arguments

splist

Vector de caracteres con nombres científicos, o un data frame / tibble con una columna de nombres.

name_col

Nombre de la columna que contiene los nombres si splist es un data frame. Por defecto busca columnas como "species", "especie", "nombre_cientifico" o "name".

Value

Un tibble con una fila por cada nombre de entrada y las columnas normalizadas y banderas.

Examples

cites_classify_names(c(
  "Tremarctos ornatus (F. G. Cuvier, 1825)",
  "Swietenia macrophylla King",
  "Phragmipedium boissierianum var. czerwiakowianum",
  "Cedrela cf. odorata",
  "Touit sp.",
  "X Haagespostoa albisetata"
))
#> # A tibble: 6 × 14
#>   input_index input_name       canonical_name orig_genus orig_species infra_rank
#>         <int> <chr>            <chr>          <chr>      <chr>        <chr>     
#> 1           1 Tremarctos orna… Tremarctos or… Tremarctos ornatus      NA        
#> 2           2 Swietenia macro… Swietenia mac… Swietenia  macrophylla  NA        
#> 3           3 Phragmipedium b… Phragmipedium… Phragmipe… boissierian… var.      
#> 4           4 Cedrela cf. odo… Cedrela odora… Cedrela    odorata      NA        
#> 5           5 Touit sp.        Touit          Touit      NA           NA        
#> 6           6 X Haagespostoa … Haagespostoa … Haagespos… albisetata   NA        
#> # ℹ 8 more variables: orig_infraspecies <chr>, author <chr>, rank <dbl>,
#> #   has_cf <lgl>, has_aff <lgl>, is_sp <lgl>, is_spp <lgl>, had_hybrid <lgl>